Рейтерн родился в семье балтийских немцев: его отец появился на свет в Валке, а род Рейтернов жил в Риге с конца XVII века. Карьеру начал в Министерстве финансов, затем работал в ведомствах юстиции и морских дел, возглавлял Комитет по делам железных дорог. В 1862 году стал министром финансов и начал реформы: ввёл единое казначейство, обнародовал бюджет, наладил строгий контроль расходов, при нём построили около 20 тысяч километров железных дорог и открыли первую систему в России.
В середине 1860-х годов дефицит бюджета, военные авантюры и страх перед возможной британской оккупацией заставили Петербург искать способ избавиться от Аляски. По поручению императора Александрa II Рейтерн в 1867 году заключил сделку: США заплатили 11 миллионов рублей (7,3 млн долларов). Эти средства пошли на погашение долгов и обязательств перед иностранными банками.
Рейтерн был сторонником частного предпринимательства и противником излишней милитаризации. Он предупреждал, что русско-турецкая война разрушит всё, чего удалось достичь, но его доводы проиграли военному лобби.
В 1871 году граф приобрёл Лиелэзерское имение близ Салдуса, записав его на имя зятя — барона Густава фон Нолькена. После смерти Рейтерн передал титул племяннику. Последним владельцем Эзерской усадьбы перед Первой мировой войной стал Эдуард фон Нолькен.
Михаэль фон Рейтерн похоронен в семейной усыпальнице у Эзерской усадьбы. Его имя и сегодня связывает историю Латвии с одной из самых известных сделок XIX века.