Избранник Малыгиной – режиссер анимационных фильмов Рейнис Калнаэллис, которого она знает еще со школьной скамьи, но в романтических отношениях они уже около года.
"От меня вы ничего не получите, кроме подтверждения того, что это произошло на Гибралтаре и что событие было милым, искренним и семейным. Все хорошо, мы счастливы…" - подтвердила факт свадьбы Малыгина, сохранив фамилию предыдущего супруга.
Это второй брак для Рейниса и третий брак для Элины. В мае 2011 года она Малыгина сыграла свадьбу с театральным режиссером Дж.Дж.Джиллинджер. В этом союзе родилась дочь Ханна. Но супруги развелись, а в октябре 2016 года Элина вышла замуж за миллионера, крупнейшего акционера Olainfarm Валерия Малыгина. 9 декабря 2017 года в возрасте 52 лет в своем доме в Юрмале предприниматель скончался. Похоронен он тоже в Юрмале, на кладбище в Асари.