Ботян родился на территории Виленской губернии Российской империи (сейчас Воложинский район Минской области Белоруссии) и встретил войну в 1939 году, командуя зенитным орудием в польской армии. В октябре 1939 года получил гражданство СССР. Участвовал в обороне Москвы, с января 1943 года принимал участие в «рельсовой войне» — уничтожении коммуникаций и линий связи в тылу противника, затем в составе партизанской группы прошел с боями по территории Украины, Белоруссии, Польши и Чехословакии.
В январе 1945 года «лейтенант Алеша» (так прозвали Алексея Николаевича местные жители) совершил то, что он считал главным достижением своей жизни. Ему удалось узнать о замысле фашистов подорвать плотину водохранилища на реке Дунаец. Разлившаяся вода должна была остановить наступление советских войск, затопив и разрушив при этом Краков. Группа Ботяна сумела взорвать склад взрывчатки в Ягеллонском замке, сорвав эти планы.
После войны Алексей Николаевич остался работать во внешней разведке в качестве разведчика-нелегала. 10 мая 2007 года полковнику в отставке Ботяну было присвоено звание Героя России.
Алексея Ботяна трижды представляли к званию Героя Советского Союза (в 1945, 1965 и 1974 годах), однако разведчик так и не был его удостоен. По предположению самого Ботяна, партийных работников смущало, что в 1939 году он служил в польской армии и бежал из плена. Высшую государственную награду ему вручили лишь в мае 2007 года. Ветерану разведки было присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда» — за мужество и героизм, проявленные в ходе операции по освобождению Кракова в годы Великой Отечественной войны, и за предотвращение его уничтожения немецко-фашистскими захватчиками.
Алексей Ботян также награжден двумя орденами Красного Знамени (1943, 1965), орденами Трудового Красного Знамени и Отечественной войны I степени (1985), орденами Мужества и «За заслуги перед Отечеством» IV (2017), польским Орденом воинской доблести (Virtuti Militari), медалями СССР, Польши и Чехословакии.
Почетный гражданин города Илжа (Польша). Лауреат Международной премии Андрея Первозванного «Вера и Верность» за мужество на фронтах Великой Отечественной войны и преданное служение Отечеству (2013).
Владел русским, белорусским, украинским, польским, чешским и немецким языками.
Был женат на Галине Владимировне Ботян (Гелена Винзель, чешка по национальности). Дочь — Ирина.
Алексей Ботян — герой документальных телефильмов «Счастье разведчика» (2009, Стас Довжик, Александр Сидоров) и «Вымысел исключен. Век разведчика» (2017, Андрей Куренков), а также биографической книги «Подлинная история майора Вихря» (2014, автор — военный журналист, писатель и историк Александр Бондаренко).
Фото из Википедии