Воспользовавшись сходством регистрационного номера самолета SU-GCC с именем президента Египта Абделя Фаттаха ас-Сиси сотрудники аэропорта также добавили к нему слова «предатель» и «убийца».
Как отметили источники The New York Times в EgyptAir, надписи были связаны с политической ситуацией, сложившейся в то время в Египте, а не с угрозой совершения теракта. С тех пор авиакомпания ужесточила меры безопасности, уволив работников, замеченных в политических пристрастиях. Кроме того, на рейсах было увеличено число сотрудников службы безопасности.
Лайнер А320, следовавший из Парижа в Каир, пропал с экранов радаров рано утром в четверг, 19 мая. На его борту были граждане 12 стран, всего 66 человек: 56 пассажиров, три сотрудника службы безопасности и семь членов экипажа. Позднее МИД Египта сообщил об обнаружении обломков А320 в районе греческого острова Карпатос. 20 мая египетские силовики заявили о найденных в 290 километрах от прибрежного города Александрия личных вещах пассажиров самолета. Также были обнаружены фрагмент тела и часть сиденья.
21 мая французское бюро расследования и анализа безопасности гражданской авиации (BEA) сообщило, что автоматическая система самолета EgyptAir за несколько минут до потери связи отправляла сигналы о наличии в салоне дыма. Эксперты связали это с пожаром, который мог возникнуть в туалетной комнате возле кабины пилотов и в отсеке радиоэлектронного оборудования.
Предшественник ас-Сиси, выдвиженец «Братьев-мусульман» Мухаммед Мурси был свергнут в результате военного переворота в 2013 году. При ас-Сиси в стране начались масштабные преследования исламистов (как радикальных, так и умеренных) и общее усиление военных и правоохранительных структур.