Обладатели постоянного ВНЖ имеют право надолго выезжать из Латвии, а для первичного получения статуса постоянного жителя ЕС этого делать нельзя. Не смог за четыре года до принятия поправок их предугадать - получай отказ. Но не надо отчаиваться!
В данном случае вам поможет - обжалование отказа. Аргументов для обжалования хватает, но самое главное, что сам факт подачи жалобы продлевает ваш старый ВНЖ до момента принятия окончательного решения в последней инстанции.
Я понимаю, что обычные люди не привыкли заниматься сутяжничеством, но в данном случае это самый эффективный способ защиты своих прав. Вы гарантированно получаете один год, и этого времени достаточно, чтобы дождаться решения конституционного суда и подготовить другие запасные варианты для себя.
Гораздо хуже, когда люди получают отказ из-за неправильно оформленных документов. Какие документы подавать уже почти все знают, а советы по правильному оформлению смотрите тут.