М-96 воевала на Балтике с 1941 года и участвовала во всех кампаниях Балтфлота, успев даже совершить боевой поход на Ладожское озеро. Боевые задания в основном состояли из ведения разведки у вражеских баз и высадки разведчиков в тылу врага.
В свой последний — седьмой — боевой поход М-96 вышла 7 сентября 1944 года. Лодка должна была преодолеть немецкое минное заграждение «Зееигель» и вести разведку в Нарвском заливе.
Вообще, именно минные заграждения были основным средством борьбы немцев с подводными лодками СССР в Балтийском море. К началу Второй мировой военные технологии — в первую очередь морские мины и системы их постановки — позволили использовать ограниченность выхода нашей страны из Финского залива. Если еще в начале XX века Россия могла отправить в Мировой океан из Кронштадта огромную эскадру, то в 1941 году многоуровневыми заграждениями из тысяч мин кригсмарине фактически заперли советских подводников в Финском заливе. Большинство потерь советских подводников приходится на морские мины. И одно из таких заграждений должна была преодолеть M-96.
Уйдя в море, лодка на связь больше не выходила и все эти годы считалась пропавшей без вести. Разведывательно-водолазная команда искала М-96 в территориальных водах Российской Федерации более трех лет, логично предполагая, что лодка погибла на заграждениях «Зееигель». Но корпус лодки обнаружен не был, и поиски продолжились совместно с эстонскими поисковиками из команды Maxstar Expedition, которые и обнаружили своим гидролокатором объект, похожий на подводную лодку. Характерные особенности и детали противоминной защиты подтвердили, что найденная подводная лодка — это М-96.
Судя по всему, лодка все же смогла форсировать все минные заграждения, вышла в район рекомендованной позиции и приступила к выполнению боевой задачи. При этом лодка смогла незаметно пройти мимо дежуривших в Нарвском заливе немецких кораблей.
Лодка погибла в надводном положении, вероятно, во время ночной зарядки аккумуляторных батарей. Машинный телеграф на мостике показывал команду «Полный вперед», руль поворота был повернут вправо, верхний рубочный люк открыт. Взрыв мины произошел под носовой частью лодки, переломив корпус. Вместе с подводной лодкой погибло 22 члена экипажа.
На основе анализа немецких документов российские историки предполагают, что, скорее всего, М-96 погибла 10 сентября 1944 в 3:48 ночи. Именно в это время немецкая подводная лодка, находившаяся в Нарвском заливе, зафиксировала своей гидроакустикой взрыв мины.
"Аргументы и факты".