Однако были попытки подчинить их - первым это сделал король Речи Посполитой Сигизмунд II Август - он набрал 300 казаков на государственную службу для защиты границ от татар и подавления периодически возникавших крестьянских восстаний. С конца XVI до середины XVII века казаки поднимали восстания против гнёта Речи Посполитой и других держав, посягавших на их земли. Наибольший успех в борьбе казачества с Польшей одержал Богдан Хмельницкий, который привёл к освободительной войне 1648-1654 годов. Итогом стала присяга Хмельницкого русскому царю.
Параллельно с запорожским казачеством на реке Дон возникло донское казачество. Оно начало формироваться ещё во время монгольских нашествий. В опустевшую донскую степь стекались русские беглецы из Рязанского княжества, образовывая уникальный этнос и автономию. Первые упоминания донского казачества датируются XV веком. До начала XVIII века донское казачество фактически было независимым, но имело деловые отношения с Русским царством.
Во время правления Петра I донское казачество лишилось независимого статуса, подтверждённого указом Ивана Грозного и стало подразделением армии Российской Империи вплоть до гражданской войны 1917-1922 годов. Во время революции Дон был оплотом "белого движения", за что многие казаки подверглись репрессиям. Очень интересно сложилась ситуация во время Великой отечественной войны - некоторые казачьи отряды выступали на стороне Третьего рейха, а другие - на стороне Красной Армии. На сегодняшний день около 140 тысяч человек идентифицируют себя как донские казаки.
В 1860-х годах после периода расказачивания и ликвидации Запорожской Сечи появилось новое казачество - кубанское или русское. Оно стало частью профессиональных войск Российской Империи. Основным местом проживания кубанских казаков был Северный Кавказ - их отряды активно участвовали в кавказской войне и контролировали ситуацию в этом регионе. Культура кубанского казачества имела много кавказских заимствований - от особых диалектизмов до национальных костюмов и оружия.
Казаки были практически во всех уголках Российской Империи, участвовали в освоении Сибири и Дальнего Востока, служили надёжным щитом на границах государства. Культурный феномен казачества был и остаётся объектом изучения историков и антропологов со всего мира. Это не просто военные отряды, казаки считали себя и считают до сих пор отдельным народом. И хотя традиции вольных людей почти исчезли, историческим памятником им служат звучащие и поныне казачьи народные песни.