В середине 1860–х годов Самарин начал работать над сочинением "Окраины России", которое печатал отдельными выпусками за границей. Первую из книг Юрий Федорович посвятил прибалтийским губерниям. В выпусках "Окраин России" он сформулировал задачу российской политики в Прибалтике: опека и поддержка дружественных России элементов — латышей и эстонцев, освобождение их от немецкого влияния. Развернутой рецензией на 1–й выпуск "Окраин России" стала статья Аксакова. Он оценивает книгу как "истинное событие в нашей общественной жизни". Эта книга, пишет Аксаков, "гражданский поступок, заслуга пред всей Россией и ее Государем". Но в верхах поступок не оценили. Как и двадцать лет назад публицисту пришлось объясняться с царем — на сей раз с Александром Вторым. В письме монарху он говорит, что книги его от "первой строки до последней, посвящены защите государственных интересов России, против неумеренных и постоянно возрастающих притязаний Остзейского провинциализма". Особые права и привилегии, по мнению автора письма, следует ликвидировать: Лифляндская, Курляндская, Эстляндская губернии должны жить в соответствии с общероссийскими законами; законодательная и экономическая основа православной церкви должна быть взята под контроль правительства; государство должно следить за положением местного крестьянства; русский язык должен быть введен в делопроизводство губернских канцелярий… Правительство по–своему отреагировало — в Третьем отделении завели папку "Дело о Самарине, издававшем за границей книгу "Окраины России". Самарин умер 19 марта 1876 года в Берлине, где печатали шестой выпуск "Окраин России". Нелепая смерть — гангрена после незначительного пореза пальца. Один из его современников, А. Кошелев, писал: "Грустно было для нас лишиться такого прекрасного человека и такого полезного и даровитого деятеля; но трагичность его кончины нас особенно поразила. Имея огромную семью — мать, братьев, сестру — и состоя в дружбе и приязни с весьма многими, он умирает в полном одиночестве, посреди людей чужих; сердечно и глубоко любя Россию и ее народ, он оканчивает жизнь на чужбине; воевавши постоянно и горячо против немцев, он в последние свои дни и часы окружен только немцами; известный не только в России, но и в Европе, он умирает в больнице под чужим именем; наконец, православный христианин и ревностный поборник православия, он не имеет утешения веры при последних страданиях (священник приезжает, но находит его уже в беспамятстве), и церковь православная при русском посольстве не впускает к себе тело усопшего, и он отпевается в протестанской церкви. Это ужасно!" И все же похоронили Самарина на родине — в Москве, на кладбище Данилова монастыря. Русское общество откликнулось на его смерть немногими газетными некрологами. Вскоре после кончины писателя и общественного деятеля его родственники передали в ведение Рижского православного Петро–Павловского братства значительную сумму средств. Проценты с самаринского капитала по завещанию покойного предназначались для поддержки образования православных латышей. В 1910 году в Риге было создано Общество имени Самарина, а спустя 13 лет — уже в независимой Латвии — его именем назвали одну из самых больших улиц Московского форштадта. Удивительно, но переименовали ее только в 1950 году — в Ломоносова. Власти нынешней Латвии возвращают улицам довоенные названия, а это оставили. Почему?