В 1941 году Цукурс добровольно вступил в "команду Арайса" - полицейское подразделение, которое принимало непосредственное участие в истреблении евреев.
Цукурс был убит 20 лет спустя после войны 23 февраля 1965 года агентами «Моссада». По официальной версии израильской спецслужбы, офицер расстрельной команды SD Цукурс был выслежен в Уругвае чудом уцелевшим евреем рижского гетто, в котором он потерял всю семью. Еврей сумел войти к палачу в доверие, представившись лейтенантом вермахта, раненым на Восточном фронте, и пригласил стать компаньоном и съездить в Бразилию, до которой они, впрочем, не доехали. Первоначально была идея переправить «рижского палача» в Израиль для суда, как Эйхмана, в специальном ящике после усыпления, однако в уругвайской столице Цукурс заподозрил неладное. Во время совместного осмотра помещений с «бывшим офицером вермахта» в Монтевидео, якобы для открытия фирмы, Цукурс был привезен в специально арендованный дом, в котором его ждала засада, группа ликвидации из нескольких агентов «Моссада». Цукурсу был зачитан приговор, в котором его обвинили в геноциде, после чего он был застрелен двумя выстрелами в голову. Спустя две недели ящик с его трупом был обнаружен уругвайской полицией.
В Израиле Цукурса считают соучастником в убийстве 25 тысяч евреев в Риге и пририжской Румбуле, который не только расстреливал по команде, но и убивал просто так, разъезжая по гетто на машине и стреляя во встречных, или своими руками уничтожая маленьких детей для воодушевления подчиненных. Однако в Латвии вина участия в Холокосте Герберта Цукурса считается недоказанной.