По версии следствия, Бахаев снабжал сообщников информацией и должен был укрыть их после преступления. Также на скамье подсудимых находятся Темирлан Эскерханов, которому вменяется отслеживание маршрутов Немцова, братья Анзор и Шадид Губашевы.
Кроме того, продолжается расследование в отношении предполагаемого заказчика и организатора убийства Руслана Мухудинова, находящегося с ноября 2015 года в международном розыске.