В мае, как писал Sputnik, Министерство экономики Эстонии предложило российским коллегам провести заседание совместной транспортной комиссии. Как отметил вице-канцлер Минэкономики Ахти Кунингас, в случае положительного ответа российской стороны на предложение эстонских коллег в повестку встречи могут войти вопросы развития железнодорожного пассажирского сообщения по маршруту Таллинн — Петербург — Москва и возможности организации пограничного и таможенного контроля в движущемся поезде.
Также могут обсуждаться проблемы согласования грузовых железнодорожных перевозок, целесообразность развития нового автомобильного перехода на границе в Нарве и другие.
Договор о создании совместной транспортной комиссии между Эстонией и Россией был подписан в июле 2006 года, но из-за политических разногласий между странами ее работа так и не стала регулярной.
Сложные политические отношения Эстонии и России сказываются на экономических связях, которые сокращаются из года в год. Это особенно коснулось железнодорожных и морских перевозок. Снижение грузооборота по железной дороге происходит в основном за счет уменьшения объема транзита нефти и нефтепродуктов.