Основанием послужило то, что название «сайентология» зарегистрировано как товарный знак. Этот факт, по словам представителей министерства, противоречит требованию закона о религиозных объединениях.
Представители церкви сайентологов в суде настаивали, что ликвидация организации станет нарушением прав десяти тысяч верующих людей.
«Сайентологическая церковь города Москвы» зарегистрирована 25 января 1994 года. В декабре 1996-го Госдума России приняла постановление, в котором она была классифицирована как деструктивная религиозная организация.