Правозащитники и юристы, представляющие интересы людей, незаконно лишенных свободы по приказу ЦРУ, утверждают, что Литва была включена в сеть секретных тюрем разведывательного управления,
где проводились допросы подозреваемых в связях с «Аль-Каидой» после терактов 11 сентября. Официальные лица Литвы до сих пор не признали наличие таких тюрем на территории страны, правительство США также не раскрывает конкретных адресов, хотя признало сам факт их существования и отдельные случаи пыток задержанных. Парламентское расследование, проведенное в Литве, пришло к выводу, что спецслужбы прибалтийской республики предоставили ЦРУ место для организации подобное тюрьмы. Уголовное расследование началось в 2010 году, при этом основной акцент бы сделан на возможную причастность высокопоставленных сотрудников департамента госбезопасности. Через год следствие было приостановлено, так как прокуратура не обнаружила причин для уголовного преследования официальных лиц.