Он был министром обороны СССР с августа по декабрь 1991 года. В том же году Шапошникову присвоили звание маршала авиации.
После распада Советского Союза маршал был назначен главнокомандующим Вооруженными Силами СНГ, а в июне 1993 года - секретарем Совета безопасности России. В дальнейшем занимал должность представителя президента в государственной компании по экспорту и импорту вооружение и военной техники "Росвооружение". Возглавлял "Аэрофлот". В 1995-1997 годах был гендиректором "Аэрофлота", в 1997-2004 годы - помощником президента РФ, пишет Интерфакс.