Ильхам и Мехрибан Алиевы женаты с 1983 года. У них две дочери и сын.
Дочь Лейла Алиева вышла замуж за Эмина Агаларова. 1 декабря 2008 года у них родились два сына-близнеца. Месяц назад стало известно, что супруги развелись. Вторая дочь Ильхама и Мехрибан Арзу в сентябре 2011 года вышла замуж за Самеда Курбанова.