В июне 2012-го — спустя месяц после беспорядков в Москве — у ряда российских оппозиционеров прошли обыски в рамках «болотного дела». Так, у Собчак были изъяты более миллиона евро, 500 тысяч долларов и 485 тысяч рублей. В сентябре того же года следователи вернули деньги. Подозрения в том, что она уклонялась от уплаты налогов, не подтвердились. Другой оппозиционер, Илья Яшин, обратно деньги не получил.
Собчак, как и Удальцов, состояла в Координационном совете оппозиции — негосударственном политическом органе, который существовал с октября 2012-го по октябрь 2013-го. Сами члены совета неоднократно называли его работу неэффективной.