Авнери вступает в подпольную организацию в возрасте 15 лет, чтобы бороться за свободу от британской оккупации, но покидает её в знак протеста против, по его мнению, «антиарабских и реакционных» взглядов и террористических методов Иргуна. В 1946 году Авнери основывает движение «Молодой Израиль» и считает, что евреи должны быть союзниками арабских национально-освободительных движений. Призывает создать на Ближнем Востоке «Семитское сообщество» с общим рынком. Но во время начавшейся войны с арабами уходит на фронт добровольцем. После войны пишет антивоенные книги. Уходит из газеты, в которой он работал репортером из-за того, что ему запрещали свободно выражать свою точку зрения на незаконную, на его взгляд, конфискацию арабских частных земель правительством Бен-Гуриона.
Организует свой журнал, в котором выступает за создание «Палестинского государства». Агитирует за отделение религии от государства, за права арабского меньшинства, за равенство между евреями европейского и восточного происхождения, за принятие конституции в Израиле, за гражданские права и права женщин. В 50-х годах поддерживает национально-освободительную борьбу арабских стран в Египте, Алжире, Ираке и других местах.
Журнал первым публикует факты о «Деле Лавона» (Позорное дело), в ходе которого израильская разведка планировала диверсии в Египте против американских и английских целей, надеясь, свалив их на египетских левых и исламистов, настроить США и Англию против Египта.
Израильский истеблишмент времен Бен Гуриона воспринимает Авнери как «врага номер 1». Бен-Гурион даже не хочет произносить названия журнала Авнери, называя его «некий журнал».
Редакция журнала несколько раз подвергается нападениям. В офисах редакции и в типографии закладываются бомбы и некоторые сотрудники получают ранения. После того, как Авнери критикует в 1953 году операцию возмездия в иорданской деревне Кибия (Резня в Кибии), устроенную израильской армией, на него было совершается нападение, и ему ломают обе руки. Офис журнала и его архив полностью уничтожен в результате поджога в 1972 году.
В 1965 году Авнери создает политическое объединение «Движение — Новая сила», основанное на принципах, пропагандируемых журналом. На выборах в 1965 году движение получает одно место в Кнессете, а в 1969 году — два места. Авнери становится одним из наиболее активных членов Кнессета, произносит более 1000 речей и вносит сотни законопроектов. Появление Авнери в Кнессете вызывает у многих негодование, Голда Меир заявляет: «Я готова пойти на баррикады, лишь бы убрать Авнери из Кнессета».
На пятый день Шестидневной войны Авнери публикует открытое письмо, в котором призывает создать на месте только что захваченных Израилем Иудеи, Самарии и сектора Газа независимое Палестинское государство. Свои мысли по поводу «Палестинского государства» он излагает в книге «Израиль без сионистов». Начинает налаживать связи с Арафатом через представителя ООП в Лондоне Саида Хамами. В 1978 за свои переговоры с Авнери Хамами был убит. На Авнери также совершается покушение. Его ранят ножом в грудь, живот и лицо. Нападавший признается израильским судом невменяемым.
В 1971 году вносит проект закона об отмене уголовного наказания за гомосексуализм (тогда за это давали десять лет тюрьмы). Проект не проходит. Уголовное наказание за гомосексуализм отменяется в Израиле только в 1988 году. В 1979 году на досрочных выборах Авнери вновь получает место в Кнессете, но в 1981 году добровольно уступает его арабскому коллеге по партии.
В 1982 году во время Ливанской войны и осады Бейрута израильскими войсками, Авнери переходит линию фронта и встречается (в нарушение израильских законов) с Ясиром Арафатом, став первым израильтянином, встретившемся с лидером ООП. Несколько министров требуют, чтобы Авнери был предан суду за государственную измену. Мать Ури оставляет его за это без наследства, указав в завещании: «Вместо того, чтобы заботиться обо мне, он отправился на встречу с убийцей Арафатом». В 2001 году, когда Арафат был заблокирован Израилем в своей резиденции в Мукате за развязывание террористической войны, Авнери находился там, чтобы, по его выражению, служить Арафату «живым щитом»
В 1990-е годы становится одним из основоположников идеологии пост-сионизма. В 1993 году Авнери создает ультралевую организацию Гуш Шалом (Корпус Мира), которая выступает за прекращения Израилем контроля Западного берега и блокады сектора Газы, считая это «незаконной оккупацией». Утверждает, что Израиль систематически совершает военные преступления, выступает за образование Палестинского государства со столицей в Восточном Иерусалиме
В 2013 году в статье в саудовской газете Arab News заявляет о своем разочаровании «большой алией» из бывшего СССР. «Все они – фанатичные националисты и расисты. Они голосуют за собственную партию, основанную родившимся в Молдавии Иветом Либерманом. Они практически не общаются с остальными израильтянами»
Его обвиняют в том, что он «потому так любит арабов, что ненавидит евреев».