Один из самых больших споров между Министерством образования и науки и университетами возник по поводу введения советов. Один из аргументов заключался в том, что советы могут уменьшить автономию высших учебных заведений, если в советах окажутся политические ставленники.
Действительно, закон предусматривает, что некоторые члены совета будут назначаться Кабинетом министров, а президент и политически назначенный представитель должны будут избрать председателя совета. Избранные университетом члены совета будут в меньшинстве.
Однако, согласно закону, президент может выдвинуть только выдающегося представителя академической среды, а к выбору представителей правительства должна привлекаться общественность.
Фракция Союза зеленых и крестьян пыталась добиться, чтобы в закон был включен пункт о том, что члены совета должны нести ответственность за ущерб, который они причинили университету, но парламентское большинство не поддержало эту идею.
Второе возражение против советов - дороговизна, так как членам советов придется платить зарплату и, по оценке самого Министерства образования и науки, на это потребуется 3,2 млн евро в год. Всего в государственных университетах может быть 103 члена советов, а это означает, что один член совета будет обходиться в среднем в сумму более 30 000 евро в год.