На похороны Листьева пришли десятки тысяч россиян, 2 марта телевещание было приостановлено — на всех экранах демонстрировался портрет журналиста и слова: «Владислав Листьев убит».

Прокуратура Москвы возбудила уголовное дело по статье 103 УК РФ «Умышленное убийство» и на следующий день сформировала оперативный штаб по расследованию преступления. Спустя несколько дней дело забрали в Генпрокуратуру — там им занялся следователь по особо важным делам Борис Уваров. В августе 1995 года его внезапно сняли с дела Листьева — материалы ушли другому правоохранителю.

Основной версией следствия назвали «рекламную». Однако после допроса руководителей фирм-посредников обвинений так и не было предъявлено.

В ходе следствия также были допрошены Борис Березовский, Сергей Лисовский, Сергей Михайлов. Следователи задерживали различных криминальных авторитетов, а один профессиональный киллер даже сознался в преступлении. При этом обвинение никому из них так и не предъявили. 

В 1996 году Генпрокуратура заявила, что за организацией убийства стоит бизнесмен Игорь Дашдамиров. Летом того же года он был задержан и неоднократно допрошен. Однако на этом все закончилось. За Дашдамировым последовал допрос бизнесмена Сергея Михайлова — он также не принес особых плодов.

Прошло несколько лет — следователи заявили о четырех основных версиях убийства телеведущего. Им пришлось столкнуться с провокациями —около 10 человек, находящихся в СИЗО, сознались в убийстве Листьева. Однако проверка доказала их непричастность к преступлению.

Также выяснилось, что наемный убийца Андрей Челышев, сознавшийся в преступлении, специально пытался сбить следователей с основной версии. После ложного следа профессионального киллера следствие заявило, что убийство Владислава Листьева исполнили пять человек, в число которых вошли экс-военные — именно их подобрал заказчик преступления.

Следствие частично восстановило картину 1 марта 1995 года. В этот день преступники следили за журналистом на машине. Двое из них заранее зашли в здание — о прибытии Листьева им сказали сообщники.

Злоумышленники впоследствии скрылись за границей — в том числе в Израиле и Чехии. Переговоры МВД России и израильских властей не увенчались успехом. Позже выяснилось, что одного из предполагаемых наемных киллеров, Александра Агейкина, обнаружили мертвым в Тель-Авиве. Он, согласно официальной версии, скончался от передозировки наркотиков. При этом прокуратура ранее его не разыскивала. 

Деятельность Владислава Листьева на посту гендиректора ОРТ являлась одной из самых реальных версий инцидента по состоянию следствия на 2001 год. Год спустя представители МВД заявили, что скоро поймают убийц журналиста. Тогда они сообщили, что у них есть информация об исполнителях преступления — они на тот момент, по данным правоохранителей, находились за рубежом в международном розыске.

Более сотни томов дела, 2 тыс. свидетелей, разоблачение других преступлений — таковы были итоги на 2002 год. Дальше ежегодно Генпрокуратура отчитывалась о продолжении расследования убийства Листьева.

«Я знаю, что следователи работают, и работают они добросовестно, но сказать, раскроют это дело или нет, я не могу», — сообщил в 2005 году генпрокурор Владимир Устинов.

3 апреля 2009 года Следственный комитет при прокуратуре приостановил расследование дела об убийстве Листьева. Такое решение органы приняли впервые за 14 лет с трагического дня. Причина приостановки: «невозможность установить лицо, подлежащее привлечению к уголовной ответственности».

В 2010 году срок давности по делу об убийстве Листьева истек. На тот момент объем материалов дела составлял более 200 томов.

Однако спустя три года в Следкоме заявили, что расследование преступления не завершено. «Точку в этом деле рано ставить, оно не подлежит прекращению. Расследование уголовного дела приостановлено, при этом даны поручения оперативным службам, и как только появится значимая информация, следствие будет возобновлено, так что работа продолжается», — заявил 15 января 2013 года официальный представитель СК РФ Владимир Маркин.

В начале апреля 2013 года корреспондент журнала Rolling Stone Евгений Левкович опубликовал в своем блоге на «Снобе» ранее не публиковавшееся интервью гендиректора «Первого канала» Константина Эрнста.

Наибольший резонанс вызвала фраза медиаменеджера о том, что заказчиком убийства Листьева якобы является один из лидеров рекламного рынка 1990-х, бизнесмен Сергей Лисовский. Позже в беседе с главредом «Эха Москвы» Алексеем Венедиктовым Эрнст опроверг эту информацию.

Через два года, в феврале 2015-го, представитель СКР Маркин снова заверил, что расследование убийства продолжается, и правоохранители прикладывают все усилия для поиска заказчиков. «Дело об убийстве Листьева не прекращено и не будет прекращено, пока оно не будет раскрыто. По данному делу проводятся оперативные мероприятия, направленные на установление всех соучастников, а также заказчика этого преступления», — заявил представитель СКР.

В марте 2015 года гендиректор Первого канала Константин Эрнст в интервью «Медузе» прокомментировал убийство Листьева. «Я думаю, что понимаю, кто и зачем это сделал, но это мое знание при отсутствии юридически полноценных доказательств. Поэтому я оставлю его при себе. Достигли ли они результата? Временного — да, стратегического — нет», — заявил он.

В январе 2016 года дочь журналиста Валерия Листьева заявила, что дело заморозили — новых фактов нет. «Был момент, когда из борисовской и солнцевской группировок кто-то о чем-то проговорился, и опять начали этим делом заниматься, но поговорили — и забыли.

Все это — тайна, покрытая мраком, которая до сих пор находится под грифом «секретно».

Разгадки мы, может быть, никогда не узнаем, а если такое случится, человека все равно не вернуть», — заявила Листьева интернет-изданию «Гордон».

Журналист Александр Любимов, который занял пост гендиректора телекомпании «ВИД» после смерти Листьева, в интервью «Радио Свобода» 1 марта 2016 года заявил, что не знает заказчиков преступления. «Удивляюсь, когда люди говорят, что они знают, кто убил Влада. Потому что если знание является знанием, тогда про это надо говорить. Если вы следствию не говорите то, что вы думаете, предполагаете, то вы противодействуете работе следственных органов. У меня, может быть, есть свои версии. Но они такого местечкового характера», — сообщил он.

Он отметил, что из-за того, что Листьев был публичной фигурой, количество его контактов исчислялось тысячами. «Соответственно, версии множатся, интеллектуально осмыслить их и прийти к логичному выводу трудно», — сообщил Любимов.