Предполагается, что скорые поезда от Таллина до Варшавы будут курсировать по "Rail Baltica" до четырех раз в день в каждом направлении по каждому из маршрутов с момента открытия магистрали и до шести раз в день после 10 лет ее действия. На участке Вильнюс-Каунас-Варшава будут курсировать до 10 поездов в день.
План предусматривает также два ночных поезда: Таллин-Рига-Каунас-Варшава-Берлин и Вильнюс-Каунас-Варшава-Берлин.
Предполагается, что каждые 30 минут пассажиры смогут за 10 минут добраться по "Rail Baltica" от Рижского центрального железнодорожного вокзала в международный аэропорт "Рига".
План движения поездов предусматривает также, что магистралью "Rail Baltica" ежечасно смогут пользоваться два-три грузовых поезда с максимальной скоростью 120 км/час. Для развития грузовых железнодорожных перевозок планируется построить три крупных мультимодальных терминала - в Мууге (Эстония), Саласпилсе (Латвия) и Палемоне (Литва).
Предусмотрены и региональные перевозки пассажиров из Бауски в Ригу и из Салацгривы в Ригу в Латвии, из Пярну в Таллин в Эстонии и из Марьямполя через Каунас в Вильнюс в Литве.
План движения поездов по "Rail Baltica" на 2026-2056 гг. разработан немецкой компанией "Gauff Mobility GmbH" в сотрудничестве с датской "COWI" и немецким "Institut fur Bahntechnik GmbH".
"Rail Baltica" объединит балтийские страны в европейскую железнодорожную сеть, а совокупные затраты на этот проект в Латвии, Литве и Эстонии составят около 5,8 млрд евро. Завершить прокладку железнодорожного пути европейского стандарта от литовско-польской границы до Таллина планируется в 2025 году, а приступить к его использованию - в 2026 году.