Истребители сил Североатлантического альянса находятся на территории Эстонии, а также Латвии и Литвы в порядке ротации с 29 марта 2004 года, когда эти республики стали членами НАТО.
В ноябре 2016-го командующий немецким контингентом НАТО на военном аэродроме Эмари в Эстонии подполковник Свен Якоб рассказал о встречах германских и российских военных самолетов в небе над Балтийским морем. Якоб подчеркнул, что российские пилоты в небе над Балтийским морем действуют профессионально. Однако, по словам офицера ВВС Германии, иногда некоторые из россиян проявляют агрессию, показывая иностранным коллегам неприличные жесты.
На аэродроме Эмари базируются семь немецких истребителей F-16, они круглосуточно патрулируют воздушные границы стран Балтии.